組織の拡大と新キャラクターたち

第13作『漆黒の追跡者（チェイサー）』（2009）では、新たな組織の構成員としてベルモット（声：小山茉美）、スナイパーのキャンティ（声：井上喜久子）とコルン（声：木下浩之）が登場。

　ベルモットは変装の達人で、新一の母親と因縁があり、コナンの正体に気づきつつも害を加えず、時に助ける立場を取る。『漆黒の追跡者』では、黒の組織が進めていた作戦のヒントをコナンに伝えるなど、複雑な立ち位置を見せる。

　また、劇場版オリジナルの組織メンバー・アイリッシュ（声：幹本雄之）も登場。コナンの正体を見抜くほどの実力者だったが、ジンに粛清されてしまう。組織内部でさえも粛清が行われる非情な体制が浮き彫りになる。

　黒の組織を追う勢力として、FBIの赤井秀一（声：池田秀一）と公安警察の安室透（声：草尾毅）の存在も重要だ。赤井は、本編で一度死亡したとされたが、劇場版18作目『異次元の狙撃手（スナイパー）』（2014）で、謎の大学院生・沖矢昴（置鮎龍太郎）に扮して生きていたことが初めて明かされ、ファンを驚かせた。

　このように、原作でもまだ明かされていなかった超重要な情報が、劇場版でサプライズで明かされることがある。公開されるや否や、ファンが劇場に駆け付ける要因の1つにもなっている。

　劇場版第20作『純黒の悪夢（ナイトメア）』（2016）では、劇場版オリジナルの組織メンバー・キュラソー（声：天海祐希）の手により、黒の組織に潜入していたNOC（スパイ）たちのリストが流出。CIAの水無怜奈（コードネーム：キール／声：三石琴乃）、そして公安の安室（コードネーム：バーボン）が正体を知られそうになるが、赤井やコナンの活躍で間一髪のところで難を逃れる。なお、安室と赤井は互いに強い反感を持ちつつも、必要なときには協力するという、絶妙なバランスで関係が描かれている。