日本入港、海江田は東京上陸にできるのか
やまとを海底に沈めるべく、次々と東京湾に入り込んでくる米軍の潜水艦。これに対し、海上自衛隊の第2艦隊が護衛する。米軍の第3艦隊のミサイル攻撃により、海自の護衛艦「はるさめ」が損傷し、多数の負傷者が出る。
海江田は、やまとから電波を混乱させる魚雷を第3艦隊へ放つ。そして電子機器が使えなくなった米軍の空母「エイブラハム・リンカーン」を攻撃し沈没させる。
やまとの捕獲を諦めていなかった深町も自身の潜水艦「たつなみ」の体当たりを試みるが、やまとは潜水して逃れる。
一方、米軍第3艦隊は、いよいよ東京湾に入ろうとするやまとを追うが、米国人のライアン大佐が搭乗しているために攻撃できない。海江田はライアンの解放を決め、別れ際、彼に謝罪と感謝の気持ちを口にする。
独立国家を称する「やまと」元首の海江田は、東京湾に入り、同時に日本政府に同盟を結ぶことを要請する。核兵器を搭載している可能性のある潜水艦の入港を認めるか否か、政府内でも喧々囂々の意見が飛び交うが、それまでは決断力に難があり、どこか頼りなかった竹上首相が一大決心を下す。
核兵器を持っていないことを口頭で確認した上で、やまとの日本入港と海江田の東京上陸を認め、全世界に公開する形で首脳会談を行ったのだ。
海江田は下船する前に、山中に「自分に何かあったら、後は頼んだ」という言葉を残す。海江田とて日本上陸には恐れを抱き、拘束されるかもしれない不安と闘っていたと感じさせるワンシーンだ。
首脳会談の席で竹上は、影山らの反対を押し切ってやまととの友好条約締結に同意する。その上で海江田は、やまとの代表者として、国連総会への出席を全世界に向けて宣言する。
一方、海江田を“テロリスト”と断じ、やまとへの攻撃を命じていたベネット大統領は、その光景を目にし激怒、攻撃の手を一層強めるよう指示する。かくして、東京湾を舞台に、自衛隊&やまとvs米軍の海戦が繰り広げられるのだが、日本国民は固唾を飲んで、その戦況を見守ることしかできない。