政府首脳が戦慄した事実とは…

首脳会談を終え引き揚げる道中、市谷は警備を突破し、海江田への突撃取材を試みる。海江田の「質問は1つだけ。答えはイエスかノーだけだ」という条件を飲んだ市谷の質問は「やまとは核ミサイルを積んでいますか？」というもの。

その問いに対し、海江田は「イエス」と答える。日本に近付くため、海江田は嘘をついていたのだ。その場にいた政府首脳は戦慄する。

攻撃の手を一層強める米軍。初めは海江田を沈めようと「たつなみ」を出港させた深町だが、逡巡した後、海江田と深町の防衛大学時代の教官であり、第2護衛隊群司令・沼田徳治（田中要次）とともに、やまとの護衛に回る。

しかし、そのせいで「たつなみ」も米軍の攻撃対象となり、やまとに向けて放たれた魚雷を、盾となる形で被弾し航行不能となってしまう。

さらに日本が用意した移動式ドック「サザンクロス」も被弾し、やまとごと沈没しそうになるが、海江田と山中の完璧なオペレーションによって脱出に成功、米軍の包囲網をかいくぐり、相模湾へと逃れる。東京湾での戦いは熾烈な魚雷の撃ち合いとなったが、ギリギリのところで核の使用は避けられた。

次に海原は、やまとの真実を追い続ける市谷に電話し、今起こっていること全てを打ち明け、報道するように願う。市谷は、ニュースキャスター生命を賭け、ディレクターの制止を無視して現状をカメラに向かって語り、放送後、「自分なりの真実を追い続けます」という言葉を残し、退職届を置いて、局を後にするのだった。

太平洋に抜けたやまとの行き先について、海江田は「（国連本部のある）ニューヨークへ向かう」と、乗組員に告げるところで、「東京湾大海戦」という副題が付いたシーズン1は幕を閉じる。

シーズン2では一転、米国が舞台となる。やまとはニューヨークに辿り着き、無事に上陸できるのか。できたとしても海江田は国家元首として国連総会の演台に立つことができるのか。

また、原作マンガで描かれたロシアの介入や、ベネット大統領から忌み嫌われていながらも、海江田の捕獲を画策する軍事会社「イースト・ウェスト・ダイナミックス社」の登場はあるのか…。